《社内处刑人~她要消灭敌人》的剧情围绕着一家内部问题重重的公司展开。浅见穗香，一名普通的派遣员工，每天默默忍受着职场上的骚扰和不公。然而，当她遇到新入社的美丽而优秀的深濑望美后，她的生活开始发生微妙的变化。

望美的到来似乎为公司带来了一系列神秘事件，使原本就暗流涌动的公司内部更加错综复杂。穗香开始深入调查这些事件背后的真相，逐渐揭露了公司隐藏的黑暗面。

随着调查的深入，穗香发现望美并非表面上的那般单纯，她的真实身份和目的令人震惊。同时，穗香也意识到，为了维护公司的正义和公平，她必须勇敢地站出来，与那些害群之马进行斗争。最终，穗香以她的智慧和勇气，成功地为公司清除了毒瘤，也为自己赢得了应有的尊重和地位。